Nasceu na Fazenda do Letreiro, município de Uberlândia, residência de seus pais Francisco Alves Pereira e Francisca Fernandes dos Santos, sendo neto de João Pereira da Rocha. Na idade escolar frequentou escola rudimentares e, ao lado de seus pais, entregou-se ao trabalho agrícola e pastoril. Aos 3 de fevereiro de 1865, convolou núpcias com Ana Fernandes de Rezende, sua parenta, nascida a 9 de outubro de 1849 e falecida aos 27 de março de 1929.
Sua descendência:
F1 - Francisco Alves dos Santos, c.c Florentina Alves dos Santos
F2 - Idalina Alves dos Santos, c.c. Luiz Alves Pereira
F3 - Antônio Evaristo dos Santos, c.c. Diolinda Lemes de Rezende
F4 - Floripices Alves dos Santos, c.c. Francisco de Paiva Rezende
F5 - Nicomedes Alves dos Santos, c.c Alípia Alves Pereira
F6 - Teófilo Alves dos Santos, c.c Benvinda Pereira dos Santos
F7 - Gil Alves dos Santos, c.c Maria Paiva Rezende
F8 - Emília Alves dos Santos, c.c Joaquim Rezende dos Santos
F9 - Ana Alves dos Santos, c.c. Francisco Alves Pereira
F10 - Diolinda Alves dos Santos, c.c. José Fernandes Peixoto
F11 - Manoel Alves dos Santos Filho, c.c Laudelina Maria de Jesus
F12 - José Alves dos Santos, c.c Laura Gomes dos Santos
F13 - Maria Alves dos Santos, c.c. Laudelino Pereira
F14 - Rivalino Alves dos Santos, c.c Laudelina Carneiro dos Santos
F15 - Olinto Alves dos Santos, falecido na tenra idade
F16 - Emília Alves dos Santos, faleceu aos dois anos e seis meses, vítima de um desastre. A empregada da casa deixou cair sobre ela um tacho de água fervendo.
Manoel passou a residir na sua propriedade na Fazenda do Pombo, e além desta, possuía também a do Monjolinho situada a 18 quilômetros acima da Fazenda São Francisco, onde está localizado o histórico Porto do Registro, no antigo Rio das Velhas, hoje Rio Araguari, dando acesso à Aldeia de Sant' Ana, local de passagem dos primeiros bandeirantes em direção à Vila Boa de Goiás, através do Porto Real no Rio Paranaíba.
Faleceu o Coronel Manoel Alves dos Santos, a 30 de novembro de 1898, sendo vitimado pela febre amarela, contraiu a doença durante a sua estadia no Rio de Janeiro. Foi sepultado no antigo cemitério público, sendo nos dias de hoje a Praça Clarimundo Carneiro, onde localiza-se o Museu Municipal de Uberlândia.
TEIXEIRA, Tito. Bandeirantes e Pioneiros do Brasil Central. 1º vol. 1ª ed. Uberlândia. Uberlândia Gráfica, 1970. p. 361-364.
